抗原检测顾名思义，检测的是抗原。抗原是免疫学上的一个名词，指的是可以刺激人体免疫系统产生免疫应答效应产物（抗体或者致敏的淋巴细胞）的物质。抗原与抗体可以在体内及体外特异性地结合。
目前用于新冠病毒检测的试剂（试纸条或者检测卡），主要是检测新冠病毒的抗原蛋白，蛋白具有新冠病毒的特异性，检测出这些特异性蛋白质的存在，也就证实了新冠病毒的存在。
核酸检测的是新冠病毒的核酸。与抗原检测相比，新冠病毒核酸检测需要专业的仪器设备，专业的检测技术，非专业人士做不到自我检测。其中还涉及到从口鼻部采集病毒样本（咽拭子、鼻拭子），送到专业实验室处理、PCR扩增等复杂的过程。核酸检测的PCR过程，会用到两段特异性的PCR引物。所谓引物，其实也是一段核酸，按照互补的原理与检测样本中可能存在的病毒核酸配对。只有完全配对成功，才能扩增出相应的核酸片段，所以特异性非常高。这有点像钥匙开锁的过程，钥匙越长，与锁的配合越特异。所以，核酸检测特异性很高。加上有重复多次的扩增病毒核酸的过程，灵敏性也比较高。哪怕一点点的病毒，也能够检测出来。
总的来说，抗原检测简单易行，是一种初步的检测，适用于大众自我检测；核酸检测需要专业人员、专业设备，这是确诊新冠病毒的金标准。