尽管考古学家们也在努力地进行发掘，但却未必能发掘出已经沉降到地下的古代城邦遗址。古代城邦遗址通常会被新的建筑物或是自然界中的沙石、各种残骸堆积覆盖。当然也有例外，比如阿兹特克人将神庙建在墨西哥城的一个湖床上，由于地基的缘故，神庙最终沉入了地下。
其实，现代建筑如果建在那种地基上也会和古代的神庙一样沉入地下。反观玛雅文明，建在坚硬的岩床上的玛雅古建筑便能长久屹立。位于伊拉克南部的乌尔遗址便是建在高出地平面21米多、面积数百公顷的大土墩上面的。其他一些残存的古文明遗址也是如此。后继的文明在古代城邦的遗址上面继续建造房屋等建筑，之后随着城市被废弃，各种建筑也逐渐被风沙和动植物残骸所掩埋。
形成中东古文明遗址的另一个原因是由于泥砖在建筑中的大量使用。泥砖建造的房屋相当经久耐用，只需偶尔进行少许维护工作并注意防止雨水冲蚀便可。但是一旦泥砖建筑遭到废弃，人们往往还会同时抽走其中宝贵的支撑木料，于是天长日久之后，泥砖房屋最终会化为黄土，堆积成恒久的土山，化作人们口中的历史传说。也可能会有新的文明在古文明的城邦遗址上再度建立起来，于是几个先后产生的文明遗址被相继叠加起来，整个遗址群看上去像一块巨大的千层糕一般。